O capitão Daniel Clayton é um ex-oficial comissionado da UNSC Navy que desertou para a New Colonial Alliance, uma organização insurgente. Ele é o filho ilegítimo do famoso capitão James Cutter.
Daniel “Danny” Clayton nasceu no mundo de Tribute, uma Inner Colony, filho de James Cutter e sua amante. Clayton não tem lembranças de conhecer seu pai, embora sua mãe tenha afirmado que ele fez uma vez. Cutter e seu comando, a UNSC Spirit of Fire, desapareceram após a Batalha de Arcadia, em fevereiro de 2531. Então – o capitão Terrence Hood (ex-oficial executivo de Cutter) culpou-se por permitir que a nave desaparecesse, pois ele ignorou as ordens para evitar o contato com o Covenant; O engajamento subsequente impediu a recuperação da boia de registro da Spirit of Fire, negando a UNSC qualquer indicação do local da nave.
Por culpa, Hood forneceu suporte para a família legítima de Cutter (sua aparente viúva Maria e sua filha) e sua secreta, enviando o dinheiro a mãe de Clayton por anos. Clayton eventualmente se juntou a UNSC e subiu ao posto de capitão; Por volta de 2558, ele havia servido sob o comando do Contra-Almirante Horatio Temkin, embaixador da UNSC em Sanghelios. Clayton finalmente descobriu que Lord Hood estava atuando como benfeitor durante toda sua carreira na tentativa de compensar a perda de Cutter e a Spirit of Fire. Sentindo que ele nunca havia conseguido nada por si mesmo, Clayton juntou-se a New Colonial Alliance, do Almirante Mattius Drake e buscou vingança contra Lord Hood.
Tendo percebido a missão diplomática de Hood para Ealen IV, Clayton vazou informações sobre as negociações de paz e empregou a ajuda de um mercenário Sangheili, Vata ‘Gajat. Em 5 de março, eles lideraram um ataque na conferência de paz. Clayton também teve seu próprio agente entre os membros de segurança da delegação, SPARTAN-IV Vladimir Scruggs. Durante a batalha, foi notificado por Scruggs que o Fireteam Jackknife foi eliminado. A maré da batalha mudou quando a delegação restabeleceu as comunicações com suas frotas em órbita e escapou do planeta. Não querendo arriscar-se a ser identificado, Clayton e ‘Gajat recuaram antes que a UNSC Infinity e suas naves aliadas Sangheili e Jiralhanae pudessem engaja-los.
Após o ataque fracassado contra Ealen IV, ‘Gajat e o Capitão Clayton atraíam o Almirante Hood e a UNSC Infinity para uma armadilha. Eles lançaram um cargueiro, o Pilgrims Pride, que enviou um sinal de socorro que foi mais tarde apanhado pela Infinity. Quando a Infinity chegou ao sistema Artesia-702, encontrou o cargueiro danificado vazando a material atômico com sinais de vida fracos a bordo e puxou a nave para uma das suas baías de mobilização. Uma emboscada surgiu dentro da baía quando o cargueiro se autodestruiu e várias areronaves da UNSC saíram do compartimento de carga. O ataque foi repelido e a Infinity descobriu mais tarde que os Assault Crafts usados eram da Spirit of Fire. A Infinity rastreou a origem do cargueiro para Oth Lodon, onde encontrou uma estação espacial Covenant, operada por forças da NCA. O capitão Clayton revelou-se e seus motivos para Lord Hood, e disparou na Infinity com o projetor de energia da estação.
Depois de disparar várias vezes o canhão superaqueceu, forçando Clayton e os outros a aguardarem para fazê-lo novamente. A estação detectou vários OF92 Booster Frames e ele ordenou os braços menores da estação ficassem on-line. Ele solicitou a ‘Gajat a manter a Infinity ocupada até que eles colocassem o canhão de volta online. ‘Gajat, no entanto, questionando a visão de Clayton, decidiu capturar a nave para obter mais dinheiro do que trabalhar para Clayton. Cinco Spartan-IVs embarcaram na estação e assumiram o controle dela, ordenando que todos parassem. Clayton disse-lhes para não ouvir, perguntando aos Spartans se sabiam quem ele era. Um deles disse que o conhecia e o derrubou com seu Sniper Rifle, por ele ter matado seu amigo Paul DeMarco, durante a batalha de Ealen IV.
Clayton e os outros foram capturados e trazidos à bordo da Infinity. Lord Hood veio ver Daniel em sua cela. Clayton , já havia assumido que ele estava indo para Midnight Facility. Hood queria saber por que o Almirante Drake permitiria que Clayton destruísse a Infinity quando quatro anos antes, a NCA tentou capturá-la. Dizendo que Drake era duas vezes o homem que o Hood jamais seria, Clayton prosseguiu afirmando que a New Colonial Alliance tinha agentes em todo mundo humano, incluindo a Terra, e afirmou com confiança que a UNSC e a Terra cairiam. Quando Hood se virou para sair, Clayton atingiu um dos marine guards e disse que se encontrariam de novo, quando Hood observaria o seu império cair.